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測定原理：
利用樣品各種氨基酸組分的結構不同、酸堿性、極性及分子大小不同，在陽離子交換柱上將它們分離，采用不同pH值離子濃度的緩沖液將各氨基酸組分依次洗脫下來，再逐個以另一流路的茚三酮試劑混合，然后共同流至螺旋反應管中，于一定溫度下（通常為115～120℃）進行顯色反應，形成在570nm有最大吸收的藍紫色產物。其中的羥脯氨酸與茚三酮反應生成黃色產物，其最大吸收在440nm。
經過處理后的樣品上柱進行分析。上柱的樣品量根據所用自動分析儀的靈敏度來確定。一般為每種氨基酸0.1μmol 左右（水解樣品干重為0.3mg 左右）。測定必須在pH5～5.5、100℃下進行，反應進行時間為10～15min，生成的紫色物質在570nm 波長下進行比色測定。而生成的黃色化合物在440nm 波長下進行比色測定。做一個氨基酸全分析一般只需1h 左右，同時可將幾十個樣品一起裝入儀器，自動按序分析，最后自動計算給出精確的數據。儀器精確度在±1～3%。用陽離子交換柱分離及測定氨基酸。
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